台南先進運輸系統有12條路網構想，前瞻計畫已核定藍、綠線，其中，第一期特別預算先將藍線納入，綠線則待評估調整後再編列預算。許多人期待捷運能早日完成，不過，也有不少市民擔心，市區蓋高架單軌捷運系統恐影響城市景觀，台南市政府表示，正邀請專家研擬適合的工程手法，將景觀衝擊降至最小。
台南市交通局指出，台南初步規畫12條捷運路網，長度約200.5公里，藍、綠線已納入前瞻計畫，第一期先進運輸系統預算將藍線納入，範圍先以東半環為主，包括永康大橋站經中華路至東區巴克禮公園站，以及藍支線東門路站至仁德轉運站，希望今年底完成可行性研究核定，明年發包做綜合規畫，再進行細部設計，預計109年發包，114年通車。
由於先進運輸系統綠線行經台南市鬧區，但舊城地區道路較狹隘，同時也會行經多處古蹟景點，民眾擔心若採軌道高架化恐影響都市景觀，這也是目前面臨的可行性評估問題。交通局副局長熊萬銀表示，正邀請專家研擬適合的工程手法，將景觀衝擊降至最小，待可行性研究報告修改後會再送交通部審定。
至於第二期先進運輸系統部分，交通局則以南科至高鐵台南站的山手線橘線、和順轉運站至高捷大湖站的紅線、平實轉運站至歸仁綠線延伸，以及新營火車站至鹽水岸內糖廠的黃線為主，連接歸仁、大湖、新營鹽水等地。
